bachelor007
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附件中为bioJava的API！
小片段拼接软件套件PhredPhrap介绍：http://www.scgrid.cn/scgrid/biogrid/html/phredphrap.html
Ployphred SNPdetector cross_match
使用ibatis 提供的ORM机制，对业务逻辑实现人员而言，面对的是纯粹的Java对象， 这一层与通过Hibernate 实现ORM 而言基本一致，而对于具体的数据操作，Hibernate 会自动生成SQL 语句，而ibatis 则要求开发者编写具体的SQL 语句。相对Hibernate等 “全自动”ORM机制而言，ibatis 以SQL开发的工作量和数据库移植性上的让步，为系统 设计提供了更大的自由空间。作为“全自动”ORM 实现的一种有益补充，ibatis 的出现显 得别具意义。 IBATIS：最大的优点是可以有效的控制sql发送的数目，提高数据层的执行效率！好象阿里巴巴现在就用的是IBAT ...
不断的有些想法出现，可是总不断的拖拉，最后让那些想法成泡沫般幻化~~~
有想法就实施！！！OK???Sam，别找太多的借口~~~
冬天，站在玄武湖畔，看着冰冷的湖水，敢跳下去吗?怕吗？
-------------怕就勇敢的跳下去吧！等哪天不怕了，就不用跳了！
java调用exe ：
public class TransferExe {
public void openWinExe()
{
Runtime rn = Runtime.getRuntime();
Process p = null;
try{
String command = "notepad";//String command1 = "java -cp D:/test TransferExe"
p = rn.exec(command);
}catch (Exception e) {
/ ...
1、CDS
指编码区序列（coding sequence）。在核酸序列中能够翻译成蛋白质氨基酸序列的部分。（该段核酸序列要有起始与终止密码子）
SNP的概念和特点
单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP），主要是指在 ...
有必要写篇日志了，想法，思虑太多了，还是写出来比较好！（待写ing.....）
想写了，但发现思路好像断断续续，有太多太多的矛盾，太多太多的杂事得整合~~~先叹个气，哎！！！！！！
写之前摘点G.shine blog上提 ...
- 2009-11-28 22:32
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EST(Expressed Sequence Tag)表达序列标签：是指从不同组织来源的cDNA序列EST技术直接起源于人类基因组计划。由于人类基因数量巨大，以及真核基因特有的复杂性（如内含子、外显子的区别、重复序列等），使得一次性不加选择地对基 ...
- 2009-11-27 14:31
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Bioinfo~~~
GenBank filetype to Fasta filetype
.gb -> .fasta
public class G2F {
private String LOCUS = "LOCUS ", LOCUS_S = "begin", //"SOURCE(name)"+"." +"LOCUS" ORGANISM = " ORGANISM ", ORGANISM_S ...
- 2009-11-24 14:09
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TO: My Sun（为什么会在类的定义中调用自己）
1. 单例的目的是什么？ 这个应该很明显，保证一个类只有单一的实例，也就是说你无法通过New或CreateInstance来创建这个类的一个新实例。2. 单例的好处在哪里？ 当一个对象在程序内部只能有一个实例的时候，它可以保证我们不会重复创建，而是始终指向同一个对象。3. 怎么用？ 单例模式的实现代码如下：
namespace SinglePattern{ public class SingleClass { private static SingleClass instan ...
- 2009-11-23 16:31
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public class ReadWriteFileTest {
public void opeateFilesSample()
{
//read from keyboard
BufferedReader stdin = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
System.out.println("Enter a line :");
try {
System.out.println(stdin.readLine());
} catch (IOExceptio ...
- 2009-11-23 16:20
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和许多人一样，熬夜把《蜗居》看完了，在长期被美剧占领的业余时间里，我是第一次以这样的方式向国产电视剧致敬。
看完后，在片尾的音乐里，发现居然“老泪纵横”。这恐怕要被哥几个狂笑我一番了吧。几乎是在每一 ...
- 2009-11-17 16:32
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最近在需要研究javapetstore，一直想把它配置到Eclipse+tomcat下，弄好后再发这方面的吧！
先解决网上搜到一个问题，是把它配置在ant+glassfish的问题
网上原文如下：
PetStore (https://blueprints.dev.java.net
)一直是 Java 开发人员学习 Java EE 的必备资料。通过分析其代码，不但可以学到最新的 Java EE 标准方面的知识，同时也可以学习 Java EE 的设计模式。
PetStore
2.0 最新版本为 Early Access 5 ，很奇怪的是这么久，一直没有一个release ...
- 2009-11-03 11:29
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看了《 干得累死,并不见得老板就待见你? 》一文，还真有些感触啊！
我们和老板的关系，是雇佣关系，老板出钱，我们出力。许多人总是认为我们出的力太多了，而老板给的钱太少了，其实如果我们换一个角度来看就可以稍微舒服一点了。
老板是我们的客户，我们提供服务，他支付报酬。如果我们服务的不好，客户可以选择别的供应商(我们被解雇了)，如果我们服务的好，客户可以给我们跟多的单子(合同续签，加薪)。
从这个角度看，我们完全可以不只一个客户。至于怎么做，大家自己考虑吧。 那些一生只做一个客户的公司，你认为能活得长久吗？当然，也有一些靠上了大树，还真的活得很滋润(名企高薪），但个 ...
- 2009-11-02 10:34
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