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关于RNA-SeQC.jar包的源码分析2
- 博客分类：
- 基因测序
4.初始化RNASeqMetrics对象
主要代码
metrics.prepareOptionsFromCommandLine(cl);
主要任务为将输入参数注入RNASeqMetrics对象，同时新建输出目录（根据 -o参数）。
根据 gtf 生成 refGene.txt文件
如果 rRNA 参数没有 则生成 rRNA_intervals.txt文件
SAMPLE_FILE 属性 为 bam文件
TRANSCRIPT_MODEL 为 gtf文件
REF_GENOME 为 fasta文件
5. ...
关于RNA-SeQC.jar包的源码分析1
- 博客分类：
- 基因测序
最近要做一个项目需要使用RNA-SeQC.jar包 对基因测序结果进行分析。
1.参数输入
-n 1000 -s \"TestId|ThousandReads.bam|TestDesc\" -t gencode.v7.annotation_goodContig.gtf -r Homo_sapiens_assembly19.fasta -o ./testReport/ -strat gc -gc gencode.v7.gc.txt
2.文件准备
ThousandReads.bam 必须 index 化， 用 BuildBamIndex 生成一个 同名带b ...
最近看到一道面试题要求打印螺旋状矩形，这是一道很普通的面试题，去网上找了一下，发现解决方案都是不断的用for循环，造成结构很复杂，所以我花了半个小时的时间重新写了一个
public class test {
public static void main(String[] args) {
//打印的矩阵高
int maxi = 5;
//要打印的矩阵宽
int maxj = 6;
int maxnum=maxi*maxj;
int i = 0;
int j = 0;
int[][] a = new int[maxi][maxj];
...
- 2009-08-20 18:30
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最近需要应用一个场景，有一段代码必须要等待整个HTML页面加载完毕以后在执行，我在网上找了一圈发现 JAVASCRIPT中间得 defer属性 刚好适用这个场景
默认情况吓defer属性是false。那么在这里
<script language="javascript" defer>
显式声明defer属性后等同于
<script language="javascript" defer=true>
注意两点：
1、不要在defer型的脚本程序段中调用document.write命令，因为document.write将产生 ...
- 2009-08-14 05:27
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