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ubuntu下安装R

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Ubuntu软件中心搜索 r-base 直接安装

或者

添加源,然后通过apt-get安装:

  1. sudo apt-get install r-base  
------------------------------------------------------

 

方法2

下载R的源码包(http://www.r-project.org/),比如:R-2.13.0.tar.gz

解压:

  1. tar -zvxf R-2.13.0.tar.gz  
配置:
  1. cd R-2.13.0  
  2. ./configure --prefix=/home/xxx/R --enable-R-shlib   

prefix设置R的安装路径,enable-R-shlib可以保证lib目录下的动态库能够共享

如果提示G77错误

  1. sudo apt-get install build-essential  
  2. sudo apt-get install gfortran  

如果提示错误:configure:error:--with-readline=yes(default)...

  1. sudo apt-get install libreadline6-dev  

如果提示错误:configure:error:--with-x=yes(default) and X11...

  1. sudo apt-get install libxt-dev  

安装:

  1. make  
  2. make install  

link到bin目录下:

  1. cd /bin  
  2. sudo ln -sv /home/xxx/R/bin/R  

至此安装完毕。

------------------------------------------------------

安装pkg:

终端下输入:R

  1. source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")  
  2. biocLite()  

默认将安装一下几个包

affy affydata affyPLM

annaffy annotate Biobase

Biostrings DynDoc gcrma

genefilter geneplotter hgu95av2

limma marray matchprobes

multtest ROC vsn

xtable affyQCReport

如果需要Bioconductor上别的包的话,可以使用

biocLite(c("pkg1", "pkg2"))

如:

  1. biocLite(c("copula", "pspline"))  
安装CRAN上的包
  1. install.packages(c("pkg1", "pkg2"))  
来安装(pkg1和pkg2为需要安装的包)。
------------------------------------------------------

编辑器:

1.直接shell。终端输入R,就进入R命令行了。

2.安装GUI:Rcmdr
  1. sudo apt-get install r-cran-rodbc  
  2. sudo apt-get install r-cran-rcmdr  
运行R后,library(Rcmdr)就可以打开图形界面。

3.用emacs

通过软件中心搜索emacs ess直接安装。打开emacs

M-x R

输入R的路径,就进入R编辑模式了。

emacs中可以用下面三条指令把正在编辑的程序文本送给R运行:

C-c C-n 当前行
C-c C-c 当前段
C-c C-b 当前整个文件
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