Tutorial:Create a Bundle App Using IDE

本文使用的Eclipse版本是：eclipse-rcp-juno-SR1-win32.zip

Cytoscape 版本：Cytoscape 3.1.0-snapshot

一：在Eclipse中使用Maven Archetype创建cytoscape app.

选择 File → New → Other...
选择 Maven → Maven Project and click Next
Click Next again
配置Cytoscape 3 Remote Archetype Catalog, 点击 "Configure..." and add the following remote catalog (and press "Ok" and "Apply" at the end): （看下图）
Cytoscape archrtype Catolog: http://code.cytoscape.org/nexus/service/local/repositories/snapshots/content/archetype-catalog.xml

二：选择刚配置好的Cytoscape Remote Catalog and 选中 Include snapshot archetypes. Then select cyaction-app ,然后，点击Next。（从下图中可以看到有很多版本的cyaction-app, 这里必须选择对应的Cytoscape 版本，我使用的是3.1.0）

三：按自己的风格填写信息：如下图

四：点击完成后，大概30s后，可看到刚创建的项目，项目名称为：上面填写的Artifact name。

这里必须使用JDK的jre。

五：右键项目名称，选择Run As - Maven install 构建项目。

六：将这个项目部署到Cytoscape3中

1：将项目目录中的target目录中的.jar文件拷贝到：C:/Documents and Settings/Administrator（你自己的用户名称）/CytoscapeConfiguration/3/apps/installed/

七：在控制台中运行Cytoscape 3.

1：开始- 运行- cmd: 打开控制台

2：进入Cytoscape 3 的安装目录（cd 命令）

3：运行cytoscape.bat 文件

4 From command line, type 'list'. This command displays bundles running on the current OSGi runtime. Make sure your bundle is running.

5 Type 'ls -a YOUR_BUNDLE_ID'. This indicates that your new app bundle is running and exporting an OSGi service! The template generates a very simple app template to create an instance of a class and export it as an OSGi service.

八：增加功能：实现隐藏图中的孤立节点。

1：增加依赖关系，打开pom.xml

2:编辑MenuAction.java, 输入一下代码。

import java.awt.event.ActionEvent;

import org.cytoscape.application.CyApplicationManager;
import org.cytoscape.application.swing.AbstractCyAction;
import org.cytoscape.model.CyEdge;
import org.cytoscape.model.CyNetwork;
import org.cytoscape.model.CyNode;
import org.cytoscape.view.model.CyNetworkView;
import org.cytoscape.view.presentation.property.BasicVisualLexicon;


/**
 * Creates a new menu item under Apps menu section.
 *
 */
public class MenuAction extends AbstractCyAction {
	private final CyApplicationManager manager;
	public MenuAction(CyApplicationManager cyApplicationManager, final String menuTitle) {
		
		//menuTitle为菜单项的名称
                super(menuTitle, cyApplicationManager, null, null);
		this.manager = cyApplicationManager;
		setPreferredMenu("Select");//设置此Action显示在Cytoscape中Select下拉菜单中
		
	}

	public void actionPerformed(ActionEvent e) {

		final CyNetworkView currentNetworkView = manager.getCurrentNetworkView();
	    if (currentNetworkView == null)
	       return;
	    
	    // View is always associated with its model.
	    final CyNetwork network = currentNetworkView.getModel();
	    for (CyNode node : network.getNodeList()) {

	        if (network.getNeighborList(node,CyEdge.Type.ANY).isEmpty()) {
	        	currentNetworkView.getNodeView(node).setVisualProperty(BasicVisualLexicon.NODE_VISIBLE, false);	        	
	        }
	    }
	    currentNetworkView.updateView();
		
	}
}

3：编辑CyActivator.java.替换字符串“Hello World App”为“Hide unconnected nodes”。这个名称将会出现在Cytoscape的Select下拉菜单中。这是因为上面代码setPreferredMenu("Select")设定的;

九：再次构建：Run As - Maven install。

1:将target 目录下的.jar文件拷贝到Cytoscape的installed目录中（具体目录见步骤六）

2：在控制台中运行Cytoscape,双击Cytoscape.exe也可运行