Cytoscape 3 Simple App 开发（转载）

    历经磨难，Cytoscape终于迎来了3.0的发布。API完全不兼容了，各种插件必须要升级才能在3.0中运行。

    追随乔大爷的脚步，Cytoscape 3.0的插件（plug-in）改名叫应用（app），还开了一个App Store。看看Cytoscape的红火，各行各业都是打造产业链和共赢的生态环境才能获得大的成功，互联网如此，移动设备如此，生命科学也是如此。不仅仅是API的变动，开发方式也发生了巨大的改变。为了一定程度上的兼容性，Cytoscape 3.0中的应用分为两种：

• 简单应用（simple App）：基本等同于以前2.X版本中的插件，开发方式基本一致；
• 套装应用（Bundle App）：基于OGSi的应用，可以为其他应用提供API、不会出现库的版本冲突等。

    先说说简单应用的开发，给个最简单的例子，例子来自Creating a Simple Cytoscape 3 App，稍作修改和说明。

这个简单应用有两个类：

• HideSingletonNodesApp：应用的入口，必须继承AbstractCySwingApp。

这个类的代码如下，保存到HideSingletonNodesApp.java文件：

import org.cytoscape.app.swing.AbstractCySwingApp;
import org.cytoscape.app.swing.CySwingAppAdapter;

public class HideSingletonNodesApp extends AbstractCySwingApp 
{
    public HideSingletonNodesApp(CySwingAppAdapter adapter)
    {
        super(adapter);
        adapter.getCySwingApplication()
                    .addAction(new MenuAction(adapter));
    }
}

 

• MenuAction类：在Cytoscape的Select菜单中加入菜单项，实现隐藏孤立点（跟其他所有点都不相连的点）功能：

这个类的代码如下，保存到MenuAction.java文件：

 

import java.awt.event.ActionEvent;

import org.cytoscape.app.CyAppAdapter;
import org.cytoscape.application.CyApplicationManager;
import org.cytoscape.application.swing.AbstractCyAction;
import org.cytoscape.model.CyEdge;
import org.cytoscape.model.CyNetwork;
import org.cytoscape.model.CyNode;
import org.cytoscape.view.model.CyNetworkView;
import org.cytoscape.view.presentation.property.BasicVisualLexicon;


public class MenuAction extends AbstractCyAction {
    private final CyAppAdapter adapter;

    public MenuAction(CyAppAdapter adapter) {
        super("Hide unconnected nodes",
            adapter.getCyApplicationManager(),
            "network",
            adapter.getCyNetworkViewManager());
        this.adapter = adapter;
        setPreferredMenu("Select");
    }

    public void actionPerformed(ActionEvent e) {
        final CyApplicationManager manager = adapter.getCyApplicationManager();
        final CyNetworkView networkView = manager.getCurrentNetworkView();
        final CyNetwork network = networkView.getModel();

        for (CyNode node : network.getNodeList()) {
            if (network.getNeighborList(node, CyEdge.Type.ANY).isEmpty())
                networkView.getNodeView(node).setVisualProperty(
                    BasicVisualLexicon.NODE_VISIBLE, false);
        }

        networkView.updateView();
    }
}

 

 

这个简单应用的代码就是这样。接下来还需要一个文件描述应用的基本情况，供Cytoscape在加载应用时读取。这个文件是app-manifest：

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Cytoscape-App-Version: 0.1 Cytoscape-App-Name: HideSingletonNodesApp Cytoscape-App: HideSingletonNodesApp Cytoscape-App-Works-With: 3.0 Cytoscape-API-Compatibility: 3.0

第一行是应用的版本号，第二行是应用名称，第三行是应用入口类，接下来是应用运行的Cytoscape版本。Cytoscape网站上给出的教程中的文件到此就结束了。但这样得到的应用加载时会保存，提示缺少第5行这样的信息，即应用所兼容的API版本。

把上述三个文件放到同一个目录下，下载Cytoscape3-api.jar放到同一目录下，编译打包：

1 2	javac -cp Cytoscape3-api.jar *.java jar cfm HideSingletonNodesApp.jar app-manifest *.class

在当前目录下得到的HideSingletonNodesApp.jar。到Cytoscape中，Apps -> App Manager -> Install from File .. ，安装这个Jar文件。安装后可以在Currently Installed中看到应用的基本信息，在Select菜单的最下面可以看到Hide unconnected nodes菜单项。

就现在Cytoscape的应用情况来看，大部分的应用按照Simple App的形式开发就足够了。但诸如MCODE之类准官方的应用都迁移到了套装应用的模式上，这是未来的趋势。但相互之间API的依赖，会不会陷入Linux库依赖一样的情况？毕竟，Cytoscape不是给计算机玩家用的，很多用户是生物医学的人，简单易用直观是才是王道。

迫于用户反馈，我们的插件也得升级了。ClusterViz发布三年，没发文章，倒是被人用在了一些大项目中，还发了NG之类的好文章；发了文章的一些东西反倒是没人用。这跟Journal of Statistical Software能成为影响因子最高的统计学期刊或许是一个道理：show me the codes!

 

注：原文地址：http://gossipcoder.com/?p=1376

参考链接：http://opentutorials.cgl.ucsf.edu/index.php/Tutorial:Creating_a_Simple_Cytoscape_3_App