正则表达式(regular expression记为RE)常用于文本检索和计算生物学中,它可以表示比单字符串、字符串集合、扩展字符串更复杂的搜索模式。
正则表达式有三种最基本的运算:并、连接、闭包。分别记为“|”、“.”、“*”。如果RE1 和RE2 都是正则表达式,则(RE1 . RE2)、(RE1 | RE2)、(RE1 *)也都是正则表达式。
如图1是利用正则表达式知识来处理字符串的经典方法。
首先,正则表达式被解析成一棵表达式树,然后将表达式树转换成非确定有限自动机。然后就是5.1节所讲的利用自动机处理字符串。在这里,其实从NFA直接处理也是
可行的,但由于要保存活动状态列表,并且每读入一个新文本字符都要更新这个列表,因此这个算法处理速度通常较慢。
图2是一个正则表达式(AB|BA)(AA)*的解析树表示。
Thompson构造法是一种从正则表达式构造自动机的方法.它使用自动机直接表示一个正则表达式对应的树表示,并且使用 -转移来简化这个表示过程。
Thompson构造法的核心思想是形成正则表达式RE对应的树表示Tre,然后自底向上地对树Tre的每个节点v,构造一个自动机Th(v)来识别以v为根的子树所表达的语言。根据不同类型的中间节点和叶节点,有不同的自动机构造方法,具体情况如下:
①:空字的构造方法。自动机由 -转移连接两个节点而组成。
②:单字符a的构造方法,它与空词的构造方法类化,只不过转移是使用字符来标识,而不是空字符串。
③:连接节点的构造法。瘵两个子节点vl和vr 对应的Thompson自动机合并,即第一个自动机和终止状态成为第二个自动机的初始状态。
④:并节点的构造法:就像电路图中的并联一样,必须通过两个子节点对应的自动机vl和vr中的一个。这种构造需要 -转移,在构造中,要添加二个状态,一个初始状态I,从它有二个 -转移分别到Th(vl)和Th(vr)的初始状态;另一个是终止状态F,从自动机Th(vl)和Th(vr)的终止状态分别由 -转移到达终止状态F。
⑤:星节点的构造法:因为节点的唯一子节点v*可以被重复任意多次,所以需要创建一个从自动机Th(v*)的终止状态指向其初始状态的 -转移。但是,星符号也意味着自动机Th(v*)也可能被忽略。因此,需要创建初始节点I和终结节点F,并用一个 -转移将他们连接起来。另外,再创建两条 -转移分别用来从节点I指向Th(v*)的初始状态以及从Th(v*)的终止状态指向F。如图。
正则表达式和自动机密切相关,都是处理字符串问题的重要工具。
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