移植CESM1.2和运行CLM4.5问题汇总

The Community Land Model (CLM4.5 in CESM1.2.0)（http://www.cesm.ucar.edu/models/cesm1.2/clm/） is the latest in a series of global land models developed by the CESM Land Model Working Group (LMWG) and maintained at the National Center for Atmospheric Research (NCAR)

 

CLM4.5 在线帮助文档：http://www.cesm.ucar.edu/models/cesm1.2/clm/models/lnd/clm/doc/UsersGuide/book1.html

CESM1.2已知的Bug文档：http://www.cesm.ucar.edu/models/cesm1.2/clm/models/lnd/clm/doc/KnownBugs

 

移植CESM1.2、运行CLM4.5难度较大，为便于学习和交流，现将笔者目前遇到的模型调试和运行问题逐步汇总于本文：

 

1. 调试CLM4.5单点程序，必须安装的依赖程序（program-dependent）有：ncl、nco、esmf。

这三个程序在CLM4.0中无论是运行全球数据还是单点数据均不作要求，在CLM4.5中运行全球数据也不作要求，但运行单点数据必须安装。需要注意这个三个程序和 NetCDF的版本兼容问题。[2013-08-29]

 

2. 关于 ESMF_RegridWeightGen 报错误 Segmentation fault (core dumped) 问题。

由于IBM集群机的管理系统对登录结点使用内存设定了限制，ESMF_RegridWeightGen程序在创建大容量映射文件（map_res_..._nc）时容易被kill掉，继而报 Segmentation fault 错误，解决方法是将脚本命令通过bsub提交到计算结点上运行。 参考http://www.earthsystemmodeling.org/download/releases.shtml   [2013-08-29]

 

 3. CLM4.5中关于Netcdf版本问题 [2013-08-30]

Netcdf发行至今，主要包含3种格式的二进制文件，分别为经典数据格式（classic format）、64位补偿数据格式（64-bit offset format）和netcdf-4/hdf5数据格式。其中经典数据格式和64位补偿数据格式被称为“netcdf-3”。经典数据格式为netcdf早期版本的默认格式，同时也是现在发行版本的默认格式。64位补偿数据格式在版本3.6之后发行，它支持超大变量和超大容量。netcdf-4/hdf5数据格式在版本4.0之后发行，netcdf-4的数据结构和hdf5相同，但增添了一些限制。

 

版本1.0至3.5（1989年-2000年）采用经典数据模型（classic model），仅支持经典数据格式；版本3.6之后（2004年）支持64位补偿数据格式和经典数据格式，但仍然采用经典数据模型；版本4.0之后（2008年）支持netcdf-4数据格式（基于hdf5格式）和netcdf-4经典数据格式（netcdf-4 classic，netcdf-4c）。（注：netcdf-4版本，也称为netcdf4版本）

 

在CLM4.5单点程序中，先后用到了netcdf-3和netcdf-4格式，而在安装netcdf时默认情况下不予安装netcdf-4版本。为此，本文在安装netcdf-4时，配置过程如下：

 

依赖程序包：zlib-1.2.8.tar.gz，hdf5-1.8.8.tar.gz，netcdf-4.1.2.tar.gz，parallel-netcdf-1.2.0.tar.gz

 

安装hdf5配置项：./configure --prefix=/wps/home/chenbz/programFiles/hdf5-1.8.8

--enable-fortran

--enable-fortran2003

--enable-cxx

--with-zlib=/wps/home/chenbz/programFiles/zlib1.2.8/lib

 

安装netcdf配置项：./configure --prefix=/wps/home/chenbz/programFiles/netcdf_fix_4.1.2

--enable-netcdf-4

--enable-netcdf4

--enable-pnetcdf

--enable-cxx-4

--enable-parallel-tests

--disable-dap

--with-hdf5=/wps/home/chenbz/programFiles/hdf5-1.8.8

--with-zlib=/wps/home/chenbz/programFiles/zlib1.2.8

--with-pnetcdf=/wps/home/chenbz/programFiles/pnetcdf1.2

 

评论

1 楼 fascism219 2013-09-28  

哇！您这篇博客写的太好了，看了以后感觉很受用！我最近正在做CESM1.2的porting方面的工作，以后能否通过您的博客和您常交流呢？还希望能得到您的指点，不胜感激！
期盼您的回复，祝好！