`
bbsunchen
  • 浏览: 231754 次
  • 性别: Icon_minigender_1
  • 来自: 天朝帝都
社区版块
存档分类
最新评论

运行interproscan/iprscan会遇到的问题

 
阅读更多

1. 运行iprscan的时候,一般需要根据机器的能力和安装interproscan时设置的chunk大小,将序列文件切成若干小文件,这些小文件,每个文件包含1-2个chunk大小序列条数的文件。

这个时候,有可能原始文件也放在切后的文件夹中忘记删除。

 

2.我现在挺怀疑interproscan在书写过程总,对软连接的容错能力的。因为我在两台大型机中都有软连接的存在,在这两台机器上运行都会莫名其妙地报错。而现在在新的大型机上,没有软连接存在,现在依然能够正确运行。有兴趣的可以实验一下。

0
2
分享到:
评论

相关推荐

    生物信息学软件汇总

    - **网址**: <http://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/iprscan/> - **功能简介**: InterProScan是一种综合工具,可以识别蛋白质序列中的保守结构域和特征,有助于预测蛋白质的功能。 **10. 细胞内定位预测** - **工具1*...

    Gene-annotation-pipeline:基因家族注释管道

    该管道可以获取最准确的基因拷贝数,并最大程度地减少可能会干扰下游比较分析的方法论偏见。 BITACORA和GeMoMa是用于识别和注释基因组装配中的基因家族的主要工具,第一步是基于输入文件以及要注释的基因家族信息,...

    Smart安装Linux软件包 (2).pdf

    这使得Smart可以在多种不同的Linux环境中运行,无论用户的系统是哪一个发行版,都能找到适合自己的软件包安装方案。 Smart软件包管理器的“频道”概念与传统的包管理器有所不同。在Smart中,用户可以通过不同的频道...

    入侵容忍技术在生物信息分析平台中的应用与设计.docx

    这些组件通过冗余和多样性技术实现保护,例如,多个数据库服务器存储相同数据,确保即使部分服务器出现问题,其他服务器仍能提供服务。同时,不同的服务器运行不同的操作系统和应用程序,增加攻击的复杂性。 总的来...

    Transcriptomics

    如果您有InterProScan结果,请使用此命令(确保您编辑批注.prop文件,更改InterProScanImportParameters.inputFormat旁边的值): /usr/local/blast2go/blast2go_cli.run -properties annotation.prop -useobo go....

    一个用Go golang编写的基因组学软件工具集合.zip

    5. **功能预测**:如InterProScan、PhyloCSF等,预测基因的功能、蛋白质结构和进化保守性。 6. **数据处理和可视化**:如samtools、IGV,用于处理比对结果,进行统计分析和可视化。 Go语言在基因组学软件开发中的...

    常用生物数据分析软件

    1. Unix/Linux操作系统基础:生物数据分析软件通常运行在类Unix系统上,如Linux。文件的管理、系统管理、远程登录等操作都是在Unix/Linux环境下进行的。文件复制、删除、移动,目录的创建和删除,文本查看和处理,...

    生物信息学培训教材华大基因

    - **top**: 动态显示当前运行进程的状态,包括CPU使用率、内存使用情况等。 ##### 1.4 远程登录 - **ssh**: 安全外壳协议,用于远程登录服务器。例如,`ssh username@server`可以登录到名为`server`的服务器上,...

    DeMMOworkflow

    DeMMO工作流程 该项目由一系列脚本组成,这些脚本使用来识别原...具体来说,这些是处理脚本,用于计数TCS,并在通过InterProScan运行后提取其序列。筛选器代码应在运行之前 过滤器代码要求运行已下载的HK和RR真假列表。

    PyPI 官网下载 | bioservices-1.4.7.tar.gz

    4. **InterProScanClient**:利用InterProScan进行蛋白质功能预测,识别蛋白质结构域和功能位点。 5. **NCBI**:提供与NCBI(National Center for Biotechnology Information)数据库的接口,如Entrez和E-Utils,...

    电信设备-一种生物信息学高性能信息化管理系统及数据处理方法.zip

    最后,文中可能会介绍一些实际案例,展示该系统在生物信息学研究或医药开发中的应用,例如在疾病诊断、药物设计、种群遗传学研究等方面的效果。这些案例能进一步证明该系统的实用性和先进性。 总的来说,这份资料...

    Coursera-北京大学生物信息学讲义PPT-完整版.zip

    会讲解结构比对工具,如TM-align,以及功能预测软件,如InterProScan。 第十一章和第十二章,可能会探讨系统生物学和网络分析,介绍如何构建和分析生物网络,比如代谢网络和蛋白质相互作用网络,以及使用Cytoscape...

    java6.0源码-Badger:轻量级基因组环境

    java6.0源码獾 一个可访问的基因组...存在一个已知问题,导致在升级项目时出错。 为避免这种情况,请使用较早版本的 Grails,例如 2.1.* 安装 Grails 和 JDK sudo add-apt-repository ppa:groovy-dev/grails sudo ap

    华大生物信息学培训教材

    - **基因预测与功能注释**:Glimmer、Genscan、TwinScan等工具被用来预测基因的位置和结构,而InterproScan和WEGO则用于注释基因的功能和参与的生物学过程。 #### SNP分析 - **变异检测**:Polyphred、SNPdetector...

    生物信息学培训教材——

    STRUC进行重复序列分析,利用tRNAScan、MicroRNA、snoRNA、rRNA等工具分析非编码RNA,以及Glimmer、GlimmerM、Genscan、TwinScan、BGF、Fgenesh等软件进行基因预测,最后通过InterproScan和WEGO进行基因功能注释,...

    生物信息学软件

    "生物信息学软件"这个标题暗示了我们正在讨论一系列用于处理生物学问题的计算机程序。这些软件通常涉及基因组学、转录组学、蛋白质组学以及进化分析等多个子领域。 描述中提到的“可以建树”指的是软件具有构建进化...

    eggnog-mapper:通过正交分配快速进行全基因组功能注释

    将不同的eggNOG-mapper选项与BLAST和InterProScan进行比较的基准。 EggNOG-mapper也可以作为公共在线资源获得: ://eggnog-mapper.embl.de 文献资料 引文 如果您使用此软件,请引用: [1] Fast genome-wide ...

    Epichloe_WGS_temp

    来自Interproscan Ec_mb_itps.tsv Et_mb_itps.tsv的原始数据(tsv) 使用R我们创建了一个新文件用于下游分析。 我们仅保留了以下数据库中的信息:“ CDD”,“ Gene3D”,“ PANTHER”,“ Pfam”,“ ...

Global site tag (gtag.js) - Google Analytics