Interproscan性能测试

interproscan的安装和运行，很多网站都有介绍，这里主要介绍下我做的性能测试。

今天bbsunchen做了interproscan性能测试，具体数据不能公布，结果大致如下：

 

1.interproscan运行时，蛋白质平均长度对运行时间影响不大。

 

蛋白质平均长度是30aa和蛋白质平均长度是300aa时，运行效率都大致维持在100条序列/小时

 

2.是否进行crc64计算对运行时间影响不大。不进行crc64运算，30aa平均长度，100条序列节省的时间大概在2分钟左右。

 

3.用全部数据库参与比对比不用全部数据库，运行时间消耗高一倍。

 

4.用7个数据库和用3个数据库参与比对，运行时间相差不大。

 

注：相差不大或影响不大，就是差别在1分钟之内。