tomcat5多实例JSESSIONID冲突问题请教

环境说明：服务器上按照多实例的方式跑两个tomcat实例，对应不同端口，用ip+端口访问某个实例。但是jsessionid的ip和路径（均为'/'）全相同，也就是会发生冲突，后访问的实例会覆盖之前的实例的jsessionid的cookie。
在网上和站上都没有搜到解决方案。似乎有说法是tomcat不提供对jsessionid的定制化配置，请问这样的情况是否可以通过配置不同实例的cookie的key不同来解决，在哪里进行相关配置；或者有什么其他的解决方案。
第一次提问，先行谢过。

你的问题描述不够清楚.
为什么要两个tomcat实例?两个实例中的应用是相同的么?

不是相同的，一个是用于项目web测试的实例，一个是JIRA。只是端口号不同。
比如： JIRA的cookie中 JSESSIONID 值为A 路径为"/" 没有端口信息
项目的cookie中其他信息都相同，而cookie又没有关于端口的信息用于区别，所以造成会相互覆盖。

正式发布的时候可以避免这种情况，我只是想知道tomcat有没有哪里可以设置JSESSIONID cookie的key（这个cookie应该是tomcat自身管理的，和普通的cookie好像有所不同）

http://www.caucho.com/resin-3.0/config/resin.xtp
resin好像可以把jsessionid改个名字

楼主主要是想知道是否可以设置不同的session key，恐怕要让你失望的了，TOMCAT的源码:
HttpSession doGetSession(boolean create){
…
// Creating a new session cookie based on that session
if ((session != null) && (getContext() != null)
&& getContext().getCookies()) {
Cookie cookie = new Cookie(Globals.SESSION_COOKIE_NAME,
session.getId());
((HttpServletResponse) response).addCookie(cookie);
}
其中的这行代码:
Cookie cookie = new Cookie(Globals.SESSION_COOKIE_NAME,
session.getId());
恐怕.....

另外，我在寻找如何设置TOMCAT的属性，让TOMCAT总是通过cookie的方式来传递JSessionID,而不是通过通过URL重写的方式，请问楼主和各位有经验么？

浏览器是用url来标识不同的cookie的吧？端口不同，是否也表示url也是不同？

端口不同，域名和path相同的话，服务器是不会区分的。域名和path用来标示cookie的范围。