MySQL行子查询语句问题

大家好，在项目中碰到如下问题：
hibernate 映射表的时候使用联合主键
例子如下：
商品表：Item，主键为联合主键ItemId
代码如下

public class ItemId{
   @column
   Long itemId;
   @column
   Long userId;
}

@Table(...)
public class Item{
   @Id
   ItemId id;
   @column
   Date createDate;
   @column
   boolean deleted;
   ...
}

三个手动创建索引如下：

itemId 主键索引
userId 主键索引
itemId, userId 联合索引

数据库表为InnerDB

更新一条语句示例如下：

public void softDeleteItem(long itemId, long userId){
session.createQuery("update Item set deleted = :deleted WHERE id=:id")
           .setParameter("deleted", 1)
           .setParameter("id", new ItemId(itemId, userId))
           .executeQuery();
}

通过上面的更新语句hibernate产生如下SQL语句
update item set delete=? where (itemId, roleId) = (?, ?)

在后台查询这条sql语句非常耗时，在item表数据量达到百万级级的时候好使就需要2~3秒
通过查询返回的详细参数可以看到Mysql做全表查询了，而且锁表了，并没有使用索引。


之后为了解决线上问题，就做出更改如下

public void softDeleteItem(long itemId, long userId){
session.createQuery("update Item set deleted = :deleted WHERE id.itemId=:itemId AND id.userId = :userId")
           .setParameter("deleted", 1)
           .setParameter("itemId", itemId)
           .setParameter("userId", userId)
           .executeQuery();
}

hibernate生成的语句如下：
update item set delete=? where itemId = ? and roleId=?

效率立即上去了，使用了索引，更新只需要毫秒级的时间。

故，两个问题：

1. hibernate为什么会生成
update item set delete=? where (itemId, roleId) = (?, ?)
而不是
update item set delete=? where itemId = ? and roleId = ?

2. 上面两条sql语句在mysql执行的效率为什么不一样 ?

何解？


备注：
Mysql官方文档对行子查询的说明如下：