讨论一下：linux服务器运行多个JAVA网站解决方案

你买的新的服务器，是有四个cup，内存最起码应该有4G吧，你可以通过虚拟机把你的服务器切割成四小型的服务器，一个cup管理1G或多G内存,然后在上面搭建web应用，实现4台服务器集群，旧的机器可以专用做数据库服务器。

tomcat内存优化没做吧
一个32位jvm可用2G内存，都用上了么？
permsize、xmx等内存参数都调整了么。
内存参数都调对了，tomcat的肚子还是很大的。

两台linux 每台装6个tomcat+一个nginx  nginx可以配置成负载均衡也可以在一台机器上装lvs做负载均衡。

我建议你直接换掉Tomcat，用GlassFish，cluster,load balance都相对容易操作。
不过我觉得纳闷了，1000个并发左右，tomcat应该完全可以承受。

根据你的服务器情况，

无非2中可能，一种是DB端压力大，一种是链接过多。

如果这样就一台web，一台app先部署

而且是最简单的。2台app牵涉到session复制等会复杂。关键找出瓶颈的位置。

建议采用apache+resin 做负责均衡，

直接在本地测试不出什么东西来的。nginx本来就是代理，实际tomcat处理的。正常我并发压3000，是没什么问题的，但只是一个应用，没有同时压多个。
不过我nginx代理了一个apache的discuz论坛，每天1000~2000帖吧，压力比你的小的多，所以看不出来。目前访问还可以。如果你的持续并发在300~1000左右，恐怕比je也差不了多少了吧。je平时在线也就7000~10000人左右，不知道每秒并发多少。而且je的文本居多，耗资源的如图片，视频还不是很多。
我觉得你这个还是要根据实际情况来的，比如2.0结构的网站，数据库访问比较频繁，应该先考虑分出DB服务器。
如果图片很多，应该分出图片服务器，应用一般反而是小事。
一般来说，增加服务器，基本都是以分DB作为优先考虑的。

我的是跑6个应用，包括一个论坛，不过有一个应用只有几个jsp而已。现在暂时还没有你遇到的问题。内存优化就可以了

建议采用：一个nginx（前端）+2个tomcat（后端）的部署方式。
nginx处理静态数据（图片，css，html，js等资源）
tomcat处理动态数据资源
tomcat部署可以分开比如一个tomcat部署两个压力比较大的项目，另外一个部署压力比较小的4个项目。
不要部署6个tomcat然后分开部署6个项目,这样的部署最后只有一个结果。内存溢出。

如果你觉得tomcat的链接数不够，建议换jboss或者resin。
还有就是并发1000并不是一个大的数目，web项目好多时候链接数来自于静态的链接资源，所以没准加个nginx前端就足以解决你的问题了而不一定需要买服务器，一般情况下，先用软件的处理方式，实在不行再考虑硬件。

虚拟化，共享部分存储