TOMCAT手工启动和在eclipse中启动的烦恼

   在eclipse中启动部署文件后启动tomcat，工程中的文件都运行都正常，没有多大的问题，但是在外部手工启动tomcat后，再运行工程，tomcat就报了一些意想不到的错误，诸如程序找不到已有文件的路径，在页面中实现ppt预览时，也出现不能预览了。问题有些郁闷。仔细查找问题后，发现不同的启动方式应该有些区别。
    在eclipse中启动tomcat时， System.getProperty("user.dir")得到的路径是
C:\Myprogram\ApacheSoftwareFoundation\Tomcat5.5\bin。
    而在手工启动tomcat时， System.getProperty("user.dir")得到的路径是C:\Myprogram\ApacheSoftwareFoundation\Tomcat5.5。因为在代码中用到System.getProperty("user.dir")这个函数，使得在程序应用时功能不能实现，呵呵。
    到后来的时候又发现在eclipse启动时，路径"../webapps/resources/"正确，手工启动tomcat时要改成"./webapps/resources/"才正确。
    是不是不同的方式启动tomcat真的有什么区别呢，小弟实在好菜，不懂的什么原因，不知各位高手在开发时有没有碰到，给点合理的解释呢。