IO中BufferedReader-BufferedWriter的指针问题

最近写了个程序，两个文本文件按行的比较，文本文件只有一列。一个文件20万行，另外一个8万行。

最初我是在两个for循环嵌套中，每次读取来进行比对的，后来有人说频繁的IO操作在性能上是很大的问题，于是我将那个小的文件读取集合，大的文件还是采用io读取操作。

问题就发生在这个过程中，当我将其中的一行和IO读取进行比对时，问题出来了readLine方法一直读到文件的末尾但是没有回退，当再次循环过来时，它是接着往下读，而没有指针复位。最后处理结果如下：

。。。。。。。。
			  Iterator<String> it = set.iterator();
			  while(it.hasNext())
			  {
			     comxfile = it.next();
			     System.out.println(comxfile);
			     
			     brx.mark((int)filex.length()+1);
				 while(true)
				 {
					 rotxfile = brx.readLine();
					 if(rotxfile==null)
						 break;
					 System.out.println("rotxfile:"+rotxfile.substring(0,11));
				 }
				 brx.reset();
			  }
。。。。。。。

 问题解决了之后，和同学沟通交流了一下，他说可以讲所有的都放入集合，然后再比对。我之所以没有全部放入集合，是对内存吃不准，不知道放进去内存会不会崩溃。随后试了一下，没有问题。