The difference is in exactly when the enqueuing happens.
WeakReferences are enqueued as soon as the object to which they point becomes weakly reachable. This is before finalization or garbage collection has actually happened; in theory the object could even be "resurrected" by an unorthodox finalize() method, but the WeakReference would remain dead.
PhantomReferences are enqueued only when the object is physically removed from memory, and the get() method always returns null specifically to prevent you from being able to "resurrect" an almost-dead object.
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