wanguan2000
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Y-chromosome DNA
- 博客分类：
- seq
http://en.wikipedia.org/wiki/Human_Y-chromosome_DNA_haplogroup
http://www.ranhaer.com/thread-14446-1-1.html
comonca.org.cn
isogg.org
* soft nofile 65536
* hard nofile 65536
* soft nproc 10240
* hard nproc 10240
Each line describes a limit for a user in the form:
<domain> <type> <item> <value>
Where:
<domain>
can be:
an user name
a group ...
5 个免费的项目管理工具推荐
- 博客分类：
- web
5 个免费的项目管理工具推荐
1. Collabtive
Collabtive是一个基于Web的项目管理系统，是著名的项目管理软件。它具有项目管理，即时聊天工具，任务、文件管理，时间跟踪和多语言支持等功能。
2. Freedcamp
它也是免费项目管理领域的一个重量级的工具，功能全面、易于使用、有漂亮的UI。
3. Project Pier
ProjectPier是一款基于PHP+MySQL架构的开源的项目管理程序。用户可以通过ProjectPier的web界面对任务、项目和
团队进行管理。Projec ...
python 集合操作
- 博客分类：
- python
'''
a_set = {2, 4, 5, 9, 12, 21, 30, 51, 76, 127, 195}
b_set = {1, 2, 3, 5, 6, 8, 9, 12, 15, 17, 18, 21}
print a_set.union(b_set)
print a_set.intersection(b_set)
print a_set.difference(b_set)
print a_set.symmetric_difference(b_set)
① 要检测某值是否是集合的成员，可使用 in 运算符。其工作原理和列表的一样。
② union() 方法返 ...
Best: multi-sample realignment with known sites and recalibration
Finally, if you really want to get the absolute best results,
whatever the computational cost, then we recommend doing multiple sample
realignment so that novel indels in one sample help to realign reads in
other samples. ...
## {{{ http://code.activestate.com/recipes/52306/ (r2)
# (IMHO) the simplest approach:
def sortedDictValues1(adict):
items = adict.items()
items.sort()
return [value for key, value in items]
# an alternative implementation, which
# happens to run a bit faster for large
# dictionar ...
TransferRate RETR 220
TransferRate STOR 250
TransferRate STOU 250
TransferRate APPE 250
TransferRate STOR 150 user tom # 限制tom用户上传的速率限制在150Kbytes/s
TransferRate RETR 100 user tom # 限制tom用户下载的速率限制在100Kbytes/s
http://airredhy.dyndns.org/html/chinese/misc/linux_writing/l ...
CentOS安装gcc g++等编译环境
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- centos
yum groupinstall 'Development Tools'
haploid genome
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- seq
http://seqanswers.com/forums/archive/index.php/t-10182.html
To my knowledge, FreeBayes is significantly different than other variant
detection systems in common use in that it is not limited to the
analysis of haploid or diploid individuals
The GATK can be used to call the sex (X and Y) chromos ...
国外程序员推荐的免费编程书籍资源
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- programe
我正试着搜集整理一个可在网上免费阅读的计算机编程书籍列表。这些书可以是某种特定编程语言，也可以计算机方面通用书籍。网上有哪些免费可用的书籍呢？
下面是一些网友在回复中的推荐资源，其中有视频、大学 ...
在CentOS 6.0安装LAMP服务器
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- web
http://www.ylmf.net/linux/tips/2011071626957_3.html
yum install httpd
chkconfig --levels 235 httpd on
/etc/init.d/httpd start
3.安装的Apache2
yum install httpd
配置系统启动时自动启动apache
chkconfig --levels 235 httpd on
重启apache:
...
sam提取unmapped seq
- 博客分类：
- seq
__author__ = 'wanguan2000'
#coding=utf-8
import os.path
import os
import sys
import re
filename = '/home/wanguan2000/pg/myNGS/result_NGS/cui3132/s31_1_s31_2.sam'
n = 0
m = 0
mn = 0
mydict ={}
with open(filename,'rU') as f:
for line in f:
line = line.rstrip()
if not l ...
Ignoring SAM validation error due to lenient parsing:
Error parsing text SAM file. MAPQ should be 0 for unmapped read.; File chrm.sam; Line 1477
Line: HWI-ST499:5:23:21302:167400#GCCAAT 87 chrM 16518 60 55M = 16319 -254 GGGTCATAAAGCCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGA ...
intersectBed
- 博客分类：
- seq
$ cat A.bed
chr1 100
200
chr1 1000 2000
$ cat B.bed
chr1 101
201
chr1 120
220
$ intersectBed –a A.bed –b B.bed –c
chr1 100
200
2
chr1 1000 2000 0
11个新鲜、实用的jQuery插件推荐
- 博客分类：
- web
11个新鲜、实用的jQuery插件推荐
1. rlightbox : A jQuery UI Mediabox
rlightbox是一个轻量级的jQuery插件，它可以用来展示多样的内容，比如图片、视频、Flash动画等，它还可以自适应浏览器的宽高。
除此之外，它拥有一些 ...