以往由于 license 问题，包括 Debian 和 Ubuntu 在内的大部份 GNU/Linux Distribution 都不能直接收录 Sun Microsystem 的 JRE (Java Runtime) 或 JDK (Java Development Kit) 在其发行版中。以往 Debian 会用其他开放源码的 Java VM 代替 (例如 GCJ 和 kaffe)，但他们都未能完全兼容 Sun Java 和运行所有 Java 程序。所以我们一般都会自行从 Sun Java 网站下载编译好的 JRE/JDK 安装在自己的 GNU/Linux 中。
2006 年 Sun Microsystem 开始放宽分发 Sun Java 的限制并逐步开放 Sun Java 的源码，令 Debian 和 Ubuntu 可以把它们放入属于“非自由软件”类别的软件库中，让安装 Sun Java 比以往方便很多。
除了使用 apt-get 外，Ubuntu 由 6.06 开始可以在图像接口上简易地安装 Sun Java，7.10 开始更完全和 Firefox 整合，可以在 Firefox 上安装。
设定 APT 软件库
Debian 把 Sun Java 套件放在 non-free 库中，而 Ubuntu 就放在 Multiverse 库中。
所以如果您是使用 Debian 4.0 (Etch) 或以上，请先确定您的 /etc/apt/sources.list 的 Debian 主站行已经加入 non-free，如下：
deb http://ftp.hk.debian.org/debian/ etch main contrib non-free
若您是在台湾地区的使用者，Java 套件软件已经收录在下面的映像站中。
deb http://ftp.tw.debian.org/debian/ sid main contrib non-free
如果您是使用 Ubuntu Linux 6.06 或以上，请先确定您的 /etc/apt/sources.list 的 Ubuntu 主站行已经加入 multiverse，如下：
deb ftp://hk.arhive.ubuntu.com/ubuntu/ gutsy main universe multiverse
您亦可以依照《为 Ubuntu 加入额外套件库》来加入 non-free 或 multiverse 元件。
然后更新最新软件资料，如下：
# apt-get update
安装 Sun Java 套件
Debian 和 Ubuntu 提供以下 Sun J2SE 5.0 和 Sun Java SE 6 套件：
若您只希望执行 Java 程序而不用开发环境，则用以下命令安装 Sun Java 6 环境：
# apt-get install sun-java6-jre sun-java6-plugin sun-java6-fonts
第一次安装时，安装程序会要求您阅读及接授 Sun Java™ 的授权证，没有问题的话同意就可以了。
Debian 的话会出现如下界面，在 Do you agree with DLJ license terms 出现的那个界面选 <Yes> 即可：
Ubuntu 的话会出现这个界面，请选取 Do you agree with DLJ license terms，再按『下一页』：
测试 Java Applet
如果您有安装 sun-java5-plugin 或 sun-java6-plugin，它会自动为您设定好 Mozilla、Firefox (Iceweasel)、Epiphany 等网页浏览器的 Java Applet 插件设定。您可以重新启动 Mozilla Firefox (Iceweasel) 并存取 http://java.com/zh_TW/download/help/testvm.xml 来测试 Java Applet 是否运作正常。
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