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MySQL8.0 新特性：Partial Update of LOB Column

mysql

摘要： MySQL8.0对json进行了比较完善的支持, 我们知道json具有比较特殊的存储格式，通常存在多个key value键值对，对于类似更新操作通常不会更新整个json列，而是某些键值。对于某些复杂的应用，json列的数据可能会变的非常庞大，这时候一个突出的问题是：innodb并不识别json类型，对它而言这些存储统一都是LOB类型，而在之前的版本中Innodb处理LOB更新的方式是标记删除旧记录，并插入新记录，显然这会带来一些存储上的开销（尽管Purge线程会去后台清理），而写入的redo log和Binlog的量也会偏高，对于超大列，可能会严重影响到性能。

MySQL8.0对json进行了比较完善的支持, 我们知道json具有比较特殊的存储格式，通常存在多个key value键值对，对于类似更新操作通常不会更新整个json列，而是某些键值。

对于某些复杂的应用，json列的数据可能会变的非常庞大，这时候一个突出的问题是：innodb并不识别json类型，对它而言这些存储统一都是LOB类型，而在之前的版本中Innodb处理LOB更新的方式是标记删除旧记录，并插入新记录，显然这会带来一些存储上的开销（尽管Purge线程会去后台清理），而写入的redo log和Binlog的量也会偏高，对于超大列，可能会严重影响到性能。为了解决这个问题，MySQL8.0引入了LOB列部分更新的策略。

官方博客有几篇文章介绍的非常清楚，感兴趣的可以直接跳过本文，直接阅读官方博客：

1: partial update of json values
2: introduces lob index for faster update
3: MVCC of Large Objects

本文仅仅是笔者在理解该特性时做的一些简单的笔记，，记录的主要目的是用于以后如果涉及到相关的工作可以快速展开，因此比较凌乱

目前partial update需要通过JSON_SET, 或者JSON_REPLACE等特定接口来进行json列的更新，并且不是所有的更新都能够满足条件：

没有增加新的元素
空间足够大，可以容纳替换的新值
- 但类似数据长度(10 =>更新成7=>更新成9)是允许的

下面以json_set更新json列为例来看看相关的关键堆栈

检查是否支持partial update

如上所述，需要指定的json函数接口才能进行partial update

mysql_execute_command
    |--> Sql_cmd_dml::execute
             |--> Sql_cmd_dml::prepare
                         |--> Sql_cmd_update::prepare_inner
                                     |---> prepare_partial_update
                                           |-->Item_json_func::supports_partial_update

这里只是做预检查，对于json列的更新如果全部是通过json_set/replace/remove进行的，则将其标记为候选partial update的列(TABLE::mark_column_for_partial_update)，存储在bitmap结构TABLE::m_partial_update_columns

设置partial update

入口函数：TABLE::setup_partial_update()

在满足某些条件时，需要设置logical diff(用于记录partial update列的binlog，降低binlog存储开销):

binlog_row_value_options设置为"partial_json"
binlog 打开
log_bin_use_v1_row_events关闭
使用row format

然后创建Partial_update_info对象（Table::m_partial_update_info)，用于存储partial update执行过程中的状态

Table::m_enabled_logical_diff_columns
TABLE::m_binary_diff_vectors
TABLE::m_logical_diff_vectors

创建更新向量

当读入一行记录后，就需要根据sql语句来构建后镜像，而对于partial update所涉及的json列，会做特殊处理：

Sql_cmd_update::update_single_table
 |--> fill_record_n_invoke_before_triggers
      |-->fill_record
             |--> Item::save_in_field
                     |--> Item_func::save_possibly_as_json
                             |--> Item_func_json_set_replace::val_json
                                     |--> Json_wrapper::attempt_binary_update
                                             |--> json_binary::Value::update_in_shadow
                                                    |--> TABLE::add_binary_diff

json_wrapper::attempt_binary_update ：做必要的数据类型检查（是否符合partial update的条件）后，计算需要的空间，检查是否有足够的空闲空间Value::has_space()来替换成新值。
Value::update_in_shadow: 进一步将变化的数据存储到binary diff对象中(TABLE::add_binary_diff)，每个Binary_diff对象包含了要修改对象的偏移量，长度以及一个指向新数据的const指针

如下例，摘自函数Value::update_in_shadow的注释，这里提取出来，以便于理解json binary的格式，以及如何产生Binary Diff

创建测试表：

root@test 10:00:45>create table t (a int primary key, b json);
Query OK, 0 rows affected (0.02 sec)

root@test 10:01:06>insert into t values (1, '[ "abc", "def" ]');
Query OK, 1 row affected (0.07 sec)

json数据的存储格式如下：

        0x02 - type: small JSON array
        0x02 - number of elements (low byte)
        0x00 - number of elements (high byte)
        0x12 - number of bytes (low byte)
        0x00 - number of bytes (high byte)
        0x0C - type of element 0 (string)
        0x0A - offset of element 0 (low byte)
        0x00 - offset of element 0 (high byte)
        0x0C - type of element 1 (string)
        0x0E - offset of element 1 (low byte)
        0x00 - offset of element 1 (high byte)
        0x03 - length of element 0
        'a'
        'b'  - content of element 0
        'c'
        0x03 - length of element 1
        'd'
        'e'  - content of element 1
        'f'

更新json列的'abc'为'XY', 则空出一个字节出来:

root@test 10:01:39>UPDATE t SET b = JSON_SET(b, '$[0]', 'XY');
Query OK, 1 row affected (0.01 sec)
Rows matched: 1  Changed: 1  Warnings: 0

此时的存储格式为：

              0x02 - type: small JSON array
              0x02 - number of elements (low byte)
              0x00 - number of elements (high byte)
              0x12 - number of bytes (low byte)
              0x00 - number of bytes (high byte)
              0x0C - type of element 0 (string)
              0x0A - offset of element 0 (low byte)
              0x00 - offset of element 0 (high byte)
              0x0C - type of element 1 (string)
              0x0E - offset of element 1 (low byte)
              0x00 - offset of element 1 (high byte)
CHANGED       0x02 - length of element 0
CHANGED           'X'
CHANGED           'Y'  - content of element 0
      (free)  'c'
              0x03 - length of element 1
              'd'
              'e'  - content of element 1
              'f'

此处只影响到一个element，因此只有一个binary diff

再执行更新：

UPDATE t SET j = JSON_SET(j, '$[1]', 'XYZW')

第二个element从3个字节更新成4个字节，显然原地没有足够的空间，但可以利用其一个element的剩余空间

              0x02 - type: small JSON array
              0x02 - number of elements (low byte)
              0x00 - number of elements (high byte)
              0x12 - number of bytes (low byte)
              0x00 - number of bytes (high byte)
              0x0C - type of element 0 (string)
              0x0A - offset of element 0 (low byte)
              0x00 - offset of element 0 (high byte)
              0x0C - type of element 1 (string)
 CHANGED 0x0D - offset of element 1 (low byte)
              0x00 - offset of element 1 (high byte)
              0x02 - length of element 0
              'X'  - content of element 0
              'Y'  - content of element 0
CHANGED         0x04 - length of element 1
CHANGED         'X'
CHANGED         'Y'
CHANGED         'Z'  - content of element 1
CHANGED         'W'

这里会产生两个binary diff，一个更新offset，一个更新数据

我们再执行一条update，将字符串修改成整数，这种情况下，原来存储字符串offset的位置被更改成了整数，而原来字符串占用的空间变成Unused状态。这里只

UPDATE t SET b= JSON_SET(b, '$[1]', 456)

        0x02 - type: small JSON array
        0x02 - number of elements (low byte)
        0x00 - number of elements (high byte)
        0x12 - number of bytes (low byte)
        0x00 - number of bytes (high byte)
        0x0C - type of element 0 (string)
        0x0A - offset of element 0 (low byte)
        0x00 - offset of element 0 (high byte)
CHANGED 0x05 - type of element 1 (int16)
CHANGED 0xC8 - value of element 1 (low byte)
CHANGED 0x01 - value of element 1 (high byte)
        0x02 - length of element 0
        'X'  - content of element 0
        'Y'  - content of element 0
(free)  0x04 - length of element 1
(free)  'X' 
(free)  'Y'
(free)  'Z'  - content of element 1
(free)  'W

类型从string变成int16，使用之前offset的字段记录int值，而原来string的空间则变成空闲状态，这里产生一个binary diff。

我们再来看看另外一个相似的函数Value::remove_in_shadow，即通过json_remove从列上移除一个字段，以下样例同样摘自函数的注释：

json列的值为

{ "a": "x", "b": "y", "c": "z" }

存储格式：

              0x00 - type: JSONB_TYPE_SMALL_OBJECT
              0x03 - number of elements (low byte)
              0x00 - number of elements (high byte)
              0x22 - number of bytes (low byte)
              0x00 - number of bytes (high byte)
              0x19 - offset of key "a" (high byte)
              0x00 - offset of key "a" (low byte)
              0x01 - length of key "a" (high byte)
              0x00 - length of key "a" (low byte)
              0x1a - offset of key "b" (high byte)
              0x00 - offset of key "b" (low byte)
              0x01 - length of key "b" (high byte)
              0x00 - length of key "b" (low byte)
              0x1b - offset of key "c" (high byte)
              0x00 - offset of key "c" (low byte)
              0x01 - length of key "c" (high byte)
              0x00 - length of key "c" (low byte)
              0x0c - type of value "a": JSONB_TYPE_STRING
              0x1c - offset of value "a" (high byte)
              0x00 - offset of value "a" (low byte)
              0x0c - type of value "b": JSONB_TYPE_STRING
              0x1e - offset of value "b" (high byte)
              0x00 - offset of value "b" (low byte)
              0x0c - type of value "c": JSONB_TYPE_STRING
              0x20 - offset of value "c" (high byte)
              0x00 - offset of value "c" (low byte)
              0x61 - first key  ('a')
              0x62 - second key ('b')
              0x63 - third key  ('c')
              0x01 - length of value "a"
              0x78 - contents of value "a" ('x')
              0x01 - length of value "b"
              0x79 - contents of value "b" ('y')
              0x01 - length of value "c"
              0x7a - contents of value "c" ('z')

将其中的成员$.b移除掉：

UPDATE t SET j = JSON_REMOVE(j, '$.b');

格式为：

              0x00 - type: JSONB_TYPE_SMALL_OBJECT
CHANGED 0x02 - number of elements (low byte)
              0x00 - number of elements (high byte)
              0x22 - number of bytes (low byte)
              0x00 - number of bytes (high byte)
              0x19 - offset of key "a" (high byte)
              0x00 - offset of key "a" (low byte)
              0x01 - length of key "a" (high byte)
              0x00 - length of key "a" (low byte)
CHANGED 0x1b - offset of key "c" (high byte)
CHANGED 0x00 - offset of key "c" (low byte)
CHANGED 0x01 - length of key "c" (high byte)
CHANGED 0x00 - length of key "c" (low byte)
CHANGED 0x0c - type of value "a": JSONB_TYPE_STRING
CHANGED 0x1c - offset of value "a" (high byte)
CHANGED 0x00 - offset of value "a" (low byte)
CHANGED 0x0c - type of value "c": JSONB_TYPE_STRING
CHANGED 0x20 - offset of value "c" (high byte)
CHANGED 0x00 - offset of value "c" (low byte)
      (free)  0x00
      (free)  0x0c
      (free)  0x1e
      (free)  0x00
      (free)  0x0c
      (free)  0x20
      (free)  0x00
              0x61 - first key  ('a')
      (free)  0x62
              0x63 - third key  ('c')
              0x01 - length of value "a"
              0x78 - contents of value "a" ('x')
      (free)  0x01
      (free)  0x79
              0x01 - length of value "c"
              0x7a - contents of value "c" ('z')

这里会产生两个binary diff，一个用于更新element个数，一个用于更新offset。

从上面的例子可以看到，每个Binary diff表示了一段连续更新的数据，有几段连续更新的数据，就有几个binary diff。 binary diff存储到TABLE::m_partial_update_info->m_binary_diff_vectors中，

写入logical diff

logical diff 主要用于优化写binlog

Sql_cmd_update::update_single_table
 |--> fill_record_n_invoke_before_triggers
      |-->fill_record
             |--> Item::save_in_field
                     |--> Item_func::save_possibly_as_json
                             |--> Item_func_json_set_replace::val_json
                                    |-->TABLE::add_logical_diff

新的LOB存储格式

相关代码：
storage/innobase/lob/*, 所有的类和函数定义在namesapce lob下面

从上面的分析可以看到，Server层已经提供了所有修改的偏移量，新数据长度，已经判断好了数据能够原地存储，对于innodb，则须要利用这些信息来实现partial update 。

在展开这个问题之前，我们先来看下innodb针对json列的新格式。从代码中可以看到，为了实现partial update, innodb增加了几种新的数据页格式：

压缩表：
FIL_PAGE_TYPE_ZLOB_FIRST
FIL_PAGE_TYPE_ZLOB_DATA
FIL_PAGE_TYPE_ZLOB_INDEX
FIL_PAGE_TYPE_ZLOB_FRAG
FIL_PAGE_TYPE_ZLOB_FRAG_ENTRY

普通表：
FIL_PAGE_TYPE_LOB_INDEX
FIL_PAGE_TYPE_LOB_DATA
FIL_PAGE_TYPE_LOB_FIRST

我们知道，传统的LOB列通常是在聚集索引记录内留一个外部存储指针，指向lob存储的page，如果一个page存储不下，就会产生lob page链表。而新的存储格式，则引入了lob index的概念，也就是为所有的lob page建立索引，格式如下：

ref pointer in cluster record
                         -------
                            |
                    FIL_PAGE_TYPE_LOG_FIRST
                            |
                    FIL_PAGE_TYPE_LOB_INDEX             ----------->   FIL_PAGE_TYPE_LOB_DATA
                            |
                    FIL_PAGE_TYPE_LOB_INDEX             -------------> FIL_PAGE_TYPE_LOB_DATA
                           |
                    ... ....

Note: 本文只讨论非压缩表的场景，对于压缩表引入了更加复杂的数据类型，以后有空再在本文补上。

ref Pointer格式如下（和之前相比，增加了版本号）

字段字节数描述

BTR_EXTERN_SPACE_ID	4	space id
BTR_EXTERN_PAGE_NO	4	第一个 lob page的no
BTR_EXTERN_OFFSET/BTR_EXTERN_VERSION	4	新的格式记录version号

第一个FIL_PAGE_TYPE_LOG_FIRST页面的操作定义在 lob::first_page_t类中格式如下(参考文件: include/lob0first.h lob/lob0first.cc)：

字段字节数描述

OFFSET_VERSION	1	表示lob的版本号，当前为0，用于以后lob格式改变做版本区分
OFFSET_FLAGS	1	目前只使用第一个bit，被设置时表示无法做partial update，用于通知purge线程某个更新操作产生的老版本LOB可以被完全释放掉
OFFSET_LOB_VERSION	4	每个lob page都有个版本号，初始为1，每次更新后递增
OFFSET_LAST_TRX_ID	6
OFFSET_LAST_UNDO_NO	4
OFFSET_DATA_LEN	4	存储在该page上的数据长度
OFFSET_TRX_ID	6	创建存储在该page上的事务id
OFFSET_INDEX_LIST	16	维护lob page链表
OFFSET_INDEX_FREE_NODES	16	维护空闲节点
LOB_PAGE_DATA		存储数据的起始位置，注意第一个page同时包含了lob index 和lob data，但在第一个lob page中只包含了10个lob index记录，每个lob index大小为60字节

除了第一个lob page外，其他所有的lob page都是通过lob index记录来指向的，lob index之间链接成链表，每个index entry指向一个lob page，

普通Lob Page的格式如下

字段字节数描述

OFFSET_VERSION	1	lob data version，当前为0
OFFSET_DATA_LEN	4	数据长度
OFFSET_TRX_ID	6	创建该lob page的事务Id
LOB_PAGE_DATA		lob data开始的位置

lob index entry的大小为60字节，主要包含如下内容(include/lob0index.h lob/lob0index.cc):

偏移量字节数描述

OFFSET_PREV	6	Pointer to the previous index entry
OFFSET_NEXT	6	Pointer to the next index entry
OFFSET_VERSIONS	16	Pointer to the list of old versions for this index entry
OFFSET_TRXID	6	The creator transaction identifier.
OFFSET_TRXID_MODIFIER	6	The modifier transaction identifier
OFFSET_TRX_UNDO_NO	4	the undo number of creator transaction.
OFFSET_TRX_UNDO_NO_MODIFIER	4	The undo number of modifier transaction.
OFFSET_PAGE_NO	4	The page number of LOB data page
OFFSET_DATA_LEN	4	The amount of LOB data it contains in bytes.
OFFSET_LOB_VERSION	4	The LOB version number to which this index entry belongs.

从index entry的记录格式我们可以看到两个关键信息：

对lob page的修改会产生新的lob page（“lob::replace()”）和新的lob index entry
lob page no及其数据长度，据此我们可以根据修改的数据在json column里的offset，通过lob index快速的定位到其所在的lob page
每个lob page的版本号: 为了实现mvcc多版本，用户线程先从undo log中找到对应版本的clust record，找出其中存储的版本号v1，然后在扫描lob index时，如index entry中记录的版本号<= v1，则是可见的，如果> v1, 那么就需要根据OFFSET_VERSIONS链表，找到对应版本的index entry，并
根据这个老的Index entry找到对应的lob page, 如下所示：

EXTERN REF (v2)
|
LOB IDX ENTRY (v1)
|
LOB IDX ENTRY(v2)  -----> LOB IDX ENTRY(v1)
|
LOG IDX ...(v1)

多版本读判断参考函数 'lob::read'
lob更新lob::update: 根据binary diff，依次replace

Note：不是所有的lob数据都需要partial update, 额外的lob index同样会带来存储开销，因此定义了一个threshold（ref_t::LOB_BIG_THRESHOLD_SIZE），超过2个page才去做partial update; 另外row_format也要确保lob列不存储列前缀到clust index ( ref btr_store_big_rec_extern_fields)

写入binlog

在更新完一行后，对应的变更需要打包到线程的cache中(THD::binlog_write_row() --> pack_row())，这时候要对partial update进行特殊处理，需要设置特定选项:

binlog_row_image = MINIMAL;
binlog_row_value_options=PARTIAL_JSON

如上例第一个update产生的binlog如下：

UPDATE t SET b = JSON_SET(b, '$[0]', 'XY');

binlog:

'/*!*/;
### UPDATE `test`.`t`
### WHERE
###   @1=1 /* INT meta=0 nullable=0 is_null=0 */
### SET
###   @2=JSON_REPLACE(@2, '$[0]', 'XY') /* JSON meta=4 nullable=1 is_null=0 */

由于存在主键，因此前镜像只记录了主键值，而后镜像也只记录了需要更新的列的内容，对于超大Json列，binlog上的开销也是极小的，考虑到binlog通常会成为性能瓶颈点，预计这一特性会带来不错的吞吐量提升

原文链接

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一张图读懂“云栖大会·武汉峰会”发布的阿里云AI产品体系 | DRDS 柔性事务漫谈

2018-06-11 20:22
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