Taverna工作流系列之一：taverna workbench 安装

1、简介

Taverna是一个开源的工作流管理工具，一般在科研领域，物理、化学、生物计算方向使用较多。

官网：http://www.taverna.org.uk/

由于项目需要，接触这个工具已经有一年多的时间了。期间，中文学习资料较少，项目中用的功能也有限，到现在为止也只是作为一个初学者。学习过程也比较缓慢，解决问题的效率也不高。把自己这段时间学习的东西整理一下，算是笔记吧。

2、使用环境

jdk1.6 

Taverna Workbench 2.4 ：用来构建工作流，这个工具我感觉一个画图工具，其中提供需要功能模块，通过这个工具可以构建你自己想要的工作流，也可以通过REST/soap webservice构建自己的功能模块， 是一个工作流集成工具。

Taverna Server 2.4 ：用来运行工作流。上一步的工具构建好了工作流，是一个.t2flow的文件，该服务器用来运行你的工作流。

目前，taverna已经发布了最新的2.5版本，不过2.5版本需要使用jdk1.7 

3、安装

(1)jdk安装不在叙述。

(2)Taverna Workbench 2.4 的安装。

首先，下载 http://www.taverna.org.uk/download/workbench/2-4/

找到对应系统的下载文件，解压即可，我用的是Win7。

解压之后，点击.exe文件，显示如下界面：

 

工具上方为导航栏，左上角是taverna提供的一些基本模块。左下方是工作流的具体信息，右边是工作区，用来构建工作流。具体的功能下次介绍。

导航中有一个连接到myExperiment(http://www.myexperiment.org/)这里是共享了一些科研工作流，可以在其上搜索工作流，如hello world.

 

点击相应的工作流，就可以将其加载到本地，这里注意要选择Type: Taverna 2 的工作流。

 具体可参考：http://dev.mygrid.org.uk/wiki/display/tav250/Workbench+in+detail

 4、测试

加载上述过程搜索到的Hello Word工作流，可以发现工作流被加载到工作区，点击左上角的绿色三角运行工作流，可以得到如下结果：

 

可以看到下方的workflow results输出了"Hello,World!"，这样就完成了第一个工作流的测试。

可参考官网：http://dev.mygrid.org.uk/wiki/display/tav250/Run+workflow+dialog

 

时间关系，准备每次博文写的会短一些，每次介绍一个知识点，下次描述如何构建工作流。