我使用的版本：prettify-small-4-Mar-2013.tar.bz2
我的解决方法:
1、删掉prettify里的这两个样式。
li.L0,li.L1,li.L2,li.L3,li.L5,li.L6,li.L7,li.L8{list-style-type:none}li.L1,li.L3,li.L5,li.L7,li.L9{background:#eee}
2、替换以下内容，已经存在的替换，不存在的新增。
pre.prettyprint {
padding: 8px;
background-color: #f7f7f9;
border: 1px solid #e1e1e8;
}
.prettyprint.linenums {
-webkit-box-shadow: inset 40px 0 0 #fbfbfc, inset 41px 0 0 #ececf0;
-moz-box-shadow: inset 40px 0 0 #fbfbfc, inset 41px 0 0 #ececf0;
box-shadow: inset 40px 0 0 #fbfbfc, inset 41px 0 0 #ececf0;
}
/* Specify class=linenums on a pre to get line numbering */
ol.linenums {
margin: 0 0 0 33px; /* IE indents via margin-left */
}
ol.linenums li {
padding-left: 12px;
color: #bebec5;
line-height: 18px;
text-shadow: 0 1px 0 #fff;
}
3、在<pre>标签里面一定不能有<br/>标签,要换行直接回车.
替换后，感觉效果没有原来的好看。
ps:后面再次测试，写法不对，应该这样。
<body onload="window.prettyPrint && prettyPrint();"></body>
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