JBrowse搭建

JBrowse安装及使用


目录
1 JBROWSE简介 1
1.1 JBROWSE简介 1
2 JBROWSE安装 1
2.1 环境说明 1
2.2 安装JBROWSE 1
2.3 安装APACHE服务器 2
2.4 测试DEMO数据 3


1 JBrowse简介
1.1 JBrowse简介
JBrowse是一个开源、可移植、基于JavaScript的基因组浏览器，它能够被用于在网络上导航基因组注释。JBrowse通过避免不连续的转变，作为替代，提供了平滑地动态移动，缩放，导航和通道选择，以帮助维持用户的位置感觉。不像大多数现有的基因组浏览器，其中基因组被渲染为网络服务器上的图像，客户端的作用被限制在显示那些图像，而JBrowse在服务器和客户端间发布工作，并因此比以前的基因组浏览器使用了显著更少的服务器开支。JBrowse能让我们很好地浏览基因数据。

2 JBrowse安装
JBrowse的安装可以参照：
http://jbrowse.org/
http://gmod.org/wiki/JBrowse

2.1 环境说明
JBrowse可以安装在Linux-Ubuntu/Debian，Linux-Red Hat/Fedora/CentOS，Mac OS X系统上，不同的系统在安装JBrowse之前需要安装不同的依赖环境。
本文的安装环境如下：
系统：RedHad5.5
JBrowse：JBrowse-1.9.6.zip（可以到http://jbrowse.org/网站下载安装包）

2.2 安装JBrowse
（1） 安装JBrowse环境：在安装JBrowse之前我们需要安装一些必须的依赖包。
Linux-Ubuntu/Debian系统：需要安装libpng，zlib，libgd。

sudo apt-get install build-essential libpng-dev zlib1g-dev libgd2-xpm-dev

Linux-Red Hat/Fedora/CentOS系统：需要安装libpng，gd，zlib，perl-extutils-makemaker。

sudo yum groupinstall "Development Tools"
sudo yum install libpng-devel gd-devel zlib-devel perl-ExtUtils-MakeMaker

Mac OS X系统：可以通过包管理器（macports）安装c++编译器，libpng，gd，zlib。

注意：本文使用的是redhad5.5系统，安装的时候yum找不到perl-ExtUtils-MakeMaker 包，该包需要自己下载后安装。
下载安装地：
http://pkgs.org/centos-5-rhel-5/flexbox-i386/perl-ExtUtils-MakeMaker-6.56-5.el5.noarch.rpm.html
（如果该包下载不了，也可到其他网站下载该版本的包安装即可）
（2） 安装JBrowse：下载JBrowse安装包，解压，运行setup.sh即可。

# cd进入安装目录，安装目录可以mkdir来创建
cd /var/www/jbrowse

# wget下载安装包，也可以通过curl来获取下载包
wget http://jbrowse.org/releases/JBrowse-1.9.6.zip

# 解压安装包
unzip JBrowse-1.9.6.zip

#运行setup安装JBrowse
JBrowse-1.9.6/setup.sh

   安装日志会输出到setup.log文件中，可以通过查看setup.log查看安装过程日志，如果安装失败，该日志文件中会有相应的错误日志信息给出，根据该信息解决安装问题。
如：本次安装中遇到 wget https://...... 下载第三方包是出错，setup.log中给出的错误信息是https需要检查 安全访问证书。
错误代码如下：

wget -O samtools-master.zip https://github.com/samtools/samtools/archive/master.zip

修改该代码如下：

wget --no-check-certificate -O samtools-master.zip 
https://github.com/samtools/samtools/archive/master.zip

在wget命令中加入--no-check-certificate该参数后，修改保存setup.sh。之后运行setup.sh，安装成功。
（3） 生成demo数据：可以根据官网给出的sample来运行脚本处理程序

bin/prepare-refseqs.pl --fasta docs/tutorial/data_files/volvox.fa

2.3 安装Apache服务器
如果使用的系统中没有安装apache服务器可以安装apache服务器，并将apache的根目录配置到/var/www/jbrowse/ JBrowse-1.9.6目录，启动apache服务器后即可访问JBrowse数据。
本文使用的环境中apache已经安装，所以只需修改httpd.conf配置文件，使其服务器访问目录为/var/www/jbrowse/ JBrowse-1.9.6即可。修改配置后需求需求apache访问其才可生效。
Apache的具体安装，配置，使用命令可以参加官网文档说明。

2.4 测试demo数据
打开浏览器：输入http://ip/index.html?data=sample_data/json/volvox



Demo数据展示成功，jbrowse环境搭建完成。。。