【Matlab】数据降维工具箱drtoolbox

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drttoolbox :Matlab Toolbox for Dimensionality Reduction是Laurens van der Maaten数据降维的工具箱。

里面囊括了几乎所有的数据降维算法：

- Principal Component Analysis ('PCA')
- Linear Discriminant Analysis ('LDA')
- Independent Component Analysis ('ICA')
- Multidimensional scaling ('MDS')
- Isomap ('Isomap')
- Landmark Isomap ('LandmarkIsomap')
- Locally Linear Embedding ('LLE')
- Locally Linear Coordination ('LLC')
- Laplacian Eigenmaps ('Laplacian')
- Hessian LLE ('HessianLLE')
- Local Tangent Space Alignment ('LTSA')
- Diffusion maps ('DiffusionMaps')
- Kernel PCA ('KernelPCA')
- Generalized Discriminant Analysis ('KernelLDA')
- Stochastic Neighbor Embedding ('SNE')
- Neighborhood Preserving Embedding ('NPE')
- Linearity Preserving Projection ('LPP')
- Stochastic Proximity Embedding ('SPE')
- Linear Local Tangent Space Alignment ('LLTSA')
- Simple PCA ('SPCA')
- Conformal Eigenmaps ('CCA', implemented as an extension of LLE)
- Maximum Variance Unfolding ('MVU', implemented as an extension of LLE)
- Fast Maximum Variance Unfolding ('FastMVU')
- Autoencoders using RBM pretraining ('AutoEncoder')
- Autoencoders using evolutionary optimization ('AutoEncoderEA')

这里附上下载地址：http://download.csdn.net/detail/xiaowei_cqu/4258778

在此写下我在使用中遇到的一点点小问题。

首先安装工具箱，一般都把工具箱发到Matlab默认放置工具箱的目录matlabroot\toolbox\下面，拷贝过去之后，记得修改matlabroot\toolbox\local 下的pathdef.m文件，要在里面添加上新的工具箱的路径：

matlabroot,'\toolbox\drtoolbox;', ...
matlabroot,'\toolbox\drtoolbox\techniques;', ...

注意要把子文件夹techniques也添加进入。

之后在Matlab工作环境中，只需要运行compute_mapping命令即可使用工具箱中的函数，如：

 mappedX = compute_mapping(X, 'PDA', 1);

具体参加说明文档。

在使用‘Isomap’算法时，会遇到错误如下：

Invalid MEX-file C:\Program Files\MATLAB\R2010b\toolbox\drtoolbox\techniques\dijkstra.dll 找不到指定模块

发现相应路径中，dijkstra.dll的文件是在的，于是以为是环境变量或者Progam Files空格的问题，尝试修改均无效。

后来仔细阅读了源文件的注释才发现是编译版本问题。dijkstra函数是用C++实现的，需要用matlab的mex编译器编译成dll调用。虽然工具箱中已经有相应编译的dijkstra.dll，但不同版本的Matlab调用会遇到问题，需要重新编译。

在windows命令行cmd中，用cd命令更改路径到工具箱路径下，运行命令：

mex -O dijkstra.cpp

编译出现错误：

1) Cannot open include file 'iostream.h' : No such file or directory

修改dijkstra.cpp中 include<iosteam.h>为<iosteam>

2） ‘cout’ : undeclared identifier ‘cin’ : undeclared identifier

在dijsktra.cpp中加入一行 using namespace std;

编译成功之后，在techniques文件夹下出现dijkstra.mexw32的文件，即为新编译的dll。我们可以修改之前的为dijkstra.dll.old，重命名dijkstra.mexw32为dijkstra.dll。

在matlab环境中运行isomap的程序：

成功！