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Mahout clustering Canopy+K-means 源码分析
1.迭代式mapreduce
一些复杂的任务难以用一次MapReduce处理完成,需要多次 MapReduce 才能完成任务,例如Pagrank,K-means算法都需要多次的迭代,关于 MapReduce 迭代在Mahout中运用较多。有兴趣的可以参考一下Mahout的源码。
在MapReduce的迭代思想,类似for循环,前一个 MapReduce的输出结果,作为下一个 MapReduce的输入,任务完成后中间结果都可以删除。
代码示例:
Configuration conf1 = new Configuration(); Job job1 = new Job(conf1,"job1"); ..... FileInputFormat.addInputPath(job1,InputPaht1); FileOutputFromat.setOoutputPath(job1,Outpath1); job1.waitForCompletion(true); //sub Mapreduce Configuration conf2 = new Configuration(); Job job2 = new Job(conf1,"job1"); ..... FileInputFormat.addInputPath(job2,Outpath1); FileOutputFromat.setOoutputPath(job2,Outpath2); job2.waitForCompletion(true); //sub Mapreduce Configuration conf3 = new Configuration(); Job job3 = new Job(conf1,"job1"); ..... FileInputFormat.addInputPath(job3,Outpath2); FileOutputFromat.setOoutputPath(job3,Outpath3); job3.waitForCompletion(true); .....
下面列举一个Mahout怎样运用 MapReduce 迭代的,下面的代码快就是Mahout中k-means的算法的代码,在main函数中用一个while循环来做 MapReduce 的迭代,其中:runIteration()是一次MapReduce 的过程。
个人感觉现在的 MapReduce 迭代设计不太满意的地方。
1. 每次迭代,所有Job(task)重复创建,代价非常高。
2.每次迭代,数据都写入本地和读取本地,I/O和网络传输的代价比较大。
期待着下个版本hadoop更好的支持迭代算法。
代码示例:
//main function
while (!converged && iteration <= maxIterations) { log.info("K-Means Iteration {}", iteration); // point the output to a new directory per iteration Path clustersOut = new Path(output, AbstractCluster.CLUSTERS_DIR + iteration); converged = runIteration(conf, input, clustersIn, clustersOut, measure.getClass().getName(), delta); // now point the input to the old output directory clustersIn = clustersOut; iteration++; } private static boolean runIteration(Configuration conf, Path input, Path clustersIn, Path clustersOut, String measureClass, String convergenceDelta) throws IOException, InterruptedException, ClassNotFoundException { conf.set(KMeansConfigKeys.CLUSTER_PATH_KEY, clustersIn.toString()); conf.set(KMeansConfigKeys.DISTANCE_MEASURE_KEY, measureClass); conf.set(KMeansConfigKeys.CLUSTER_CONVERGENCE_KEY, convergenceDelta); Job job = new Job(conf, "KMeans Driver running runIteration over clustersIn: " + clustersIn); job.setMapOutputKeyClass(Text.class); job.setMapOutputValueClass(ClusterObservations.class); job.setOutputKeyClass(Text.class); job.setOutputValueClass(Cluster.class); job.setInputFormatClass(SequenceFileInputFormat.class); job.setOutputFormatClass(SequenceFileOutputFormat.class); job.setMapperClass(KMeansMapper.class); job.setCombinerClass(KMeansCombiner.class); job.setReducerClass(KMeansReducer.class); FileInputFormat.addInputPath(job, input); FileOutputFormat.setOutputPath(job, clustersOut); job.setJarByClass(KMeansDriver.class); HadoopUtil.delete(conf, clustersOut); if (!job.waitForCompletion(true)) { throw new InterruptedException("K-Means Iteration failed processing " + clustersIn); } FileSystem fs = FileSystem.get(clustersOut.toUri(), conf); return isConverged(clustersOut, conf, fs); }
2.依赖关系组合式MapReduce
我们可以设想一下MapReduce有3个子任务job1,job2,job3构成,其中job1和job2相互独立,job3要在job1和job2完成之后才执行。这种关系就叫复杂数据依赖关系的组合时 MapReduce 。Hadoop为这种组合关系提供了一种执行和控制机制,Hadoop通过job和jobControl类提供具体的编程方法。Job除了维护子任务的配置信息,还维护子任务的依赖关系,而jobControl控制整个作业流程,把所有的子任务作业加入到JobControl中,执行JobControl的run()方法即可运行程序。
伪代码示例:
Configuration job1conf = new Configuration();
Job job1 = new Job(job1conf,"Job1"); .........//job1 其他设置 Configuration job2conf = new Configuration(); Job job2 = new Job(job2conf,"Job2"); .........//job2 其他设置 Configuration job3conf = new Configuration(); Job job3 = new Job(job3conf,"Job3"); .........//job3 其他设置 job3.addDepending(job1);//设置job3和job1的依赖关系 job3.addDepending(job2); JobControl jc = new JobControl("123"); jc.addJob(job1);//把三个job加入到jobcontorl中 jc.addJob(job2); jc.addJob(job3); jc.run();
3.链式MapReduce
首先看一下例子,来说明为什么要有链式MapReduce,假设在统计单词是,会出现这样的词,make,made,making等,他们都属于一个词,在单词累加的时候,都归于一个词。解决的方法为增加多个MapReduce作业,但这将增加整个作业的处理周期以及I/O操作,因而处理效率不高。
一个较好的办法就是在核心的MapReduce之外,增加一个辅助的Map过程,然后将这个辅助的Map过程和核心的 MapReduce 过程合并为一个链式的 MapReduce ,从而完成整个作业。Hadoop提供了专门的链式ChainMapper和ChainReducer来处理链式任务,ChainMapper允许一个Map任务中添加多个Map的子任务,ChainReducer可以在Reducer执行之后,在加入多个Map的子任务。
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